蝎子在新陈代谢过程中，不断产生代谢产物及多余水分，必须随时排出体外，才能维持正常的生命活动。蝎子排泄系统由2对马氏管及1对基节腺组成。马氏管呈细长的管状结构，壁薄管细，其直径仅100微米左右。管的末端有小分支，呈游离的盲管，管内壁有许多纤毛，另一端开口于中肠和后肠的连接处，呈囊状体，囊内外有丰富的毛细血管，两端之间有弯曲盘旋的细管相连。整个马氏管游离在血窦之中，马氏管从血液中吸收代谢产物，借纤毛的摆动将收集到的废物变成尿液送至肠腔中，与粪便一同排出体外。
基节腺即体腔囊与体腔管，一端开口于步足的基部，有排泄孔通体外。蝎在胚胎时有多对体腔管，长成蝎时只有第5节的1对形成基节腺。幼蝎的基节腺有排泄功能，但到了成蝎时基节腺往往退化失去排泄功能。体腔囊从血液中吸收各种代谢产物，从排泄孔排出体外。
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